В конце 1950-х годов в стране началась антирелигиозная кампания. Ее особенность состояла в том, что, хотя практически она была направлена против всех религий и конфессий, идеология того времени провоцировала возбуждение в обществе, прежде всего, антисектантских настроений (злостным сектантами считались и евангельские христиане-баптисты).
Гонения и вмешательство государства во внутренние дела церкви породили массовое недовольство верующих. В августе 1961 г. пресвитеры Г.К. Крючков и А.Ф. Прокофьев объявили о создании Инициативной группы по созыву чрезвычайного съезда церкви ЕХБ. Инициативная группа, в 1962 г. преобразованная в Оргкомитет, а в 1965 г. — в Совет церквей, взяла на себя руководство общинами, вышедшими из подчинения ВСЕХБ. Чтобы остановить движение, власти разрешили ВСЕХБ провести в 1963 и 1966 годах церковные съезды, однако раскол так и не был преодолен.
В конце 1960-х годов, благодаря смягчению системы регистрации, многие церкви ЕХБ наконец-то смогли узаконить свое существование (например, в Костроме, Боровичах, Новгородской области и др.). Была также разрешена автономная регистрация для независимых церквей. 1970-е-1980-е годы были временем не очень резкого, но активного и стабильного роста общин ЕХ
Годы перестройки.
В годы перестройки перед верующими открылись возможности для свободной деятельности: начались евангелизации на улицах городов, стадионах и в концертных залах. Их результатом стал быстрый рост прежних и возникновение новых общин. В СМИ этого времени появлялись объективные публикации о церкви ЕХБ. В 1991 г. после выхода закона «О свободе совести и религиозных организациях» была ликвидирована прежняя система государственного контроля над религиозными организациями. В 1990-е годы церковь евангельских христиан-баптистов переживала процесс становления в новых условиях и частичную ломку прежних социальных концепций, постепенно интегрируясь в современное общество.